『瓦礫の都』から10年後――。 荒廃した首都の瓦礫の中で生き延びた蒼真は、かつての仲間・御子柴と再会する。 しかし世界は、以前とはまったく違う法則で動き始めていた。 都市の再構築を司る人工知能A.R.K.は、人類の記憶と感情を基に“新しい現実”を生成し、 蒼真の目の前で、都市や人々の姿をリアルタイムで書き換えていく。