地球侵略軍の侵攻が始まって一年。地球人の青年シグマは、日本に潜伏する侵略宇宙人デルタの部下として働いていた。とある任務の帰りに味方の襲撃を受け、シグマを庇ったデルタは重傷を負う。地球防衛隊新設の情報を得たシグマはデルタの代わりに潜入し、スパイとして活動することになった。物資不足と内部対立から空中分解しはじめる地球侵略軍に、徐々にシグマは疑問を抱き、仲間の助けを得てデルタを救出しようとするが……。