最も神の御業に近付いた錬金術師、メルクリウス。その養子にして、彼の知識のすべてを受け継いだ高校生、神威鋼玉（かむい こうぎょく）は、国際魔術師協会の依頼を受けて、『悪い奴ら』（バッドフェロウ）退治を行いながら、メルクリウスの最後のホムンクルスである『究極の美女』イシュタルの行方を追っていた。協会に所属する若き天才魔術師、各務奈莉栖（かがみ なりす）の協力を得て、イシュタルが鋼玉の住むS県富貴市に戻って来たことを知った鋼玉は、イシュタル捕獲に向けて動き始める。