現代に突如として現れたダンジョンゲート。 ダンジョンは危険なモンスターの巣窟であった。 政府は当初封鎖するが、封鎖をすれば場所を変えるダンジョンゲートに封鎖を諦め、つくばに現れたゲートを監視対象とすることに決めた。 ダンジョンから採集できる魔晶を求め、人が集まってくる。 しかし、ダンジョンに潜った人々は攻撃的になり、ダンジョンゲート周辺は治安の悪いスラム街へと変化していった。 スラム街で闇医者を営む、主人公、秋月哲也はひょんなことからダンジョンの深層への踏破を強制されることになる。