加賀百々は一見、明るくちょっと天然な女子高生だが、実は人々と神を繋ぐ「在巫女（ざいみこ）」見習いだ。下宿しながら神使・香佑焔と修行に励んでいる。 そんなある日、百々は下宿のそばにある神社から不穏な気配を感じる。 一緒にいた生活安全課の掲示・東雲天空と神社に向かうが、ショッキングな光景を目の当たりにしてしまう。 神を怒らせる犯人が許せず、東雲に協力してもらい犯人を捜し始めるが……。