異次元からの獣、異獣が襲来し、文明の崩壊を悟った人類は遺伝子操作された人間兵器を作ろうと画策する。だがあっさりと文明崩壊の危機は去り、小規模な異獣襲撃に備える日々を送っていた。 異獣襲撃によって姉が入院、入院費の払えない獅子葉ヨウタは異獣襲撃に不適切な対応をした市を訴えるために証拠集めを画策するが、市は既に手を回しておりすべてが手遅れだった。 怒りに燃えたヨウタは市と関係の深い生徒会長に直談判し、なんとか姉の治療費補償を勝ち取るが、ある条件を言い渡されてしまう。 その条件とは、後に魔女と呼ばれる遺伝子操作された女子生徒を管理することだった。