精神と機械を蝕む「論理の錆」によって緩やかに崩壊しつつある蒸気機関の都市。論理的矛盾を現実世界の「亀裂」として認識する特異な能力を持つ元・異端審問官は、都市を動かす最後の歯車を解きほぐしかねない殺人事件の謎を追う。彼だけが繋がりを見抜くが、それを証明するためには、あらゆる論理を超越した心を持つ唯一の存在――事件を持ち込んできた絡繰人形（オートマタ）の少女を信じるしかなかった。