令和十八年十月、奈良県鷺ノ郡。 夜明け前、国宝「鷺ノ丸城」が立ち上がった。 石垣は脚部となり、天守は天を衝く。 文化庁職員・鷹野スバルは、調査のため現地に向かうが、防衛省が密かに隠していた事実を知る。 そして空から迫るのは、異星文明が放った“怪獣”だった。