高校二年生の『須貝優也』は、ある夜偶然、クラスメイトで隣の席である女子『氷見氷漓』がスパイの仕事をしている現場に遭遇する。その際、偶然にも素晴らしい銃の腕前を見せた優也はその才能を見出されて、スパイ組織『シャクヤクの苗』に属する学生スパイの一員となり、戦いに巻き込まれていく……！