命の危機に瀕した魔法の国への旅から数ヶ月、 またも探偵団の少年少女たちは突然のタイムトラベルに巻き込まれてしまう。 そこはかつてレッドメアシールズの一団が放棄したはずの研究施設、ルージュベルトの跡地だった。 闇の中から迫る正義からの影・ガストマキオン 彼らを助けるべく現れたジャスティファイザーとブラッディナイト そして謎の少女サイファー 探偵団の少年少女達は、残された3つの手記の謎と人類消失の危機を解決することができるのか？！