帝都暦二〇二五年 大日本帝国に居ると言われる山長の殺害命令が出された。 目的は勿論、山長が所有しているSCPの回収。各国の精鋭たちが来訪、命を狙う。 その中の１人、少年エス。 奇跡の弾丸を放つことのできる彼は国からの命令により密航。協力者たちの日本人と出会う。 そこから知る大日本帝国の闇。山長とは何なのか？マガツシステムとは？存在しない仏とは？ 青年シマザキとバディを組み、魑魅魍魎に挑む。