高校二年生のタカヤは、同級生ミナミの誘いで旧校舎の三階にある“午前0時の図書室”を訪れる。そこには、自分の名前が刻まれた数百冊の本が並び、忘れていた過去の記憶や三年前に消えた生徒の秘密が書かれていた。夜ごと変わる本、廊下に潜む影、学校全体に漂う異様な気配——タカヤは恐怖と好奇心を胸に、真実に挑む。