オレの名は乾十三。あの大戦を経て、「拡張者」と呼ばれる身体機能拡張処理を施した者達が溢れるこの街で、オレは拡張者達に関する問題を「処理」する稼業を生業にしている──。
十三の治療のために潜入した拡張者専用の収容所「凶器の保管庫」。その奥底で眠っていたのは、かつて十三が手にかけた同型・12番機。そしてメアリーが追う実兄・ヴィクターだった。淀んだ暗闇で、自らの過去と向き合う2人は…?