『Encover: Zero』は、人々が能力を持つ世界、そして若き才能が未来の英雄として育つ南アカデミーを舞台にした物語です。物語は、大々的に開催されるグループ対抗トーナメントに向けて準備を進める、グループAの生徒たちの日常から始まります。