20XX年、日本――祖国を守る夢を断たれた青年・高城祐馬は、偶然目にした「日本民間護国隊」の募集広告に心を動かされる。 自衛隊に落ちた悔しさを胸に、民間の秘密組織に応募し、地下基地での面接を突破。そこには最先端の戦闘兵器「JCNシリーズ」が配備されていた――潜水戦闘機S-1をはじめとする兵器群は、従来の軍事常識を覆す驚異の性能を誇る。 新米隊員として入隊した高城は、教官・山口連の指導の下、空軍としての訓練を開始。仲間やライバルとの交流、未知の任務、そして世界の陰で蠢く脅威との戦い……すべてが彼を「真の護国者」へと成長させていく。 果たして、高城は祖国を守るための戦場で、どんな奇跡を起こすのか――。