２０１２年１２月。高校二年生でアルバイト漬けの毎日を送る苦学生、『明星錬太郎（みょうじょうれんたろう）』は、世界的なスマホ会社からのバイト帰り、そこの工場を襲撃してきた謎の武装集団による事件に巻き込まれてしまう。 命からがら逃げだした翌日の錬太郎の手には、いつの間にかスタンガンのような部品が付いたスマホ型の謎のタブレット端末が。 それを自分の首筋にあてがうと意識を失って、今度は宇宙に浮かぶ教室のような場所で目を覚ます。 そこで彼は電脳少女【キナコ】と出会う。 マキナというその端末の中に住む彼女によると、 この世界の裏側には魔術や魔族などが存在し、自分はそれをデジタル的に管理するための存在だという。 半信半疑な錬太郎だったが、戻ってきた現実世界で彼女を作った組織、【矯会（きょうかい）】の魔術師から襲撃されて…