数学オリンピック日本代表の天才女子高生・久遠（くおん）ミナトは、ある日、試験中に謎の数式に包まれて異世界へと転移する。 目を覚ました彼女がいたのは、魔法が“数式”で構成される世界「ゼロ＝レア」。この世界では、魔法の強さは“論理と証明”で決まり、魔法使いは「数理士」と呼ばれていた。 ミナトは持ち前の数学力で、誰も解けなかった“虚数魔法”を解き明かし、最強の数理魔女として名を馳せていく。 しかし、彼女が解いた数式は、世界の根幹を揺るがす“禁忌の方程式”だった——。