空気中に瀰漫する知性生命体“クラウド”根絶の戦いにより、荒廃した世界。 統合総軍による駆除・防疫活動が展開される中、民間軍事会社G.G.ストライク社に属する戦術機動機甲（T.M.A）“繭（コクーン）”の女性オペレーター カルハ・セランは、同じ機体でバディを組む美しく優秀な年上部下セン・アスカシアルに対して、敬愛の念と、ひとつの疑念を抱いていた。 軍により運用を禁じられたはずの忌まわしい機体に執着する彼女を、 わたしは撃つべきなのか、それとも見守るべきなのか――。