4年前、突如として発生した未曾有の大災害『蒼滅』により、世界の海面は異常なまでに上昇した。これにより文明は後退。生き残った種族たちはそれぞれ残った大陸や船上に都市、文明を築いた。 　とある国のとある青年は乗っていた船の転覆により、とある港町に漂着する。 　記憶を失ったその少年は、自分の記憶を探すため、偶然寄港していた戦艦『エニグマ』に乗り、このディストピアを旅することとなる。