突如、一億人の女子高生が同時に消えるバタフライ・ロストが発生。謎の物体・オーパーツが飛来したのをきっかけに招聘された僕たち“因子持ち”は、被害者救出のために――。プロジェクトは成功するのか。人類は滅びるのか。宇宙創世記、第一幕。