公安委員会直属の時空の番人、「時空管理局」に勤めている時空管理官（タイムキーパー）の柊 純（ひいらぎ じゅん）は時空犯罪によるタイムパラドックスが起きないようにタイムトラベルを行い、時空犯罪を取り締まっていく。