時空を越えた壮大な冒険が再び幕を開ける!!前作「Sa・Ga3時空の覇者完結編」から数年後、主人公のデューン、風魔法の使い手ポルナレフ、氷魔法と治癒魔法の使い手ミルフィー、デューンの愛人のシリューは、新たな危機に立ち向かう。消滅したはずの水瓶が突如として再び出現し、水瓶の中から現れた謎の女性、強大な力と水瓶を操る「水瓶の巫女」の存在に、水瓶を操っていたのはラグナ神ではないことに気づく。氷と治癒の魔法を操るミルフィーは、その巫女と宿命的な繋がりを持つのか？過去、現在、未来そして新たな異次元、亜空世界、超次元世界を舞台にデューン達、新たに改造され生みだされた新生ステスロスの新たな戦いが始まる!