2035年第5護衛隊群は新興国家である東亜連邦への牽制のため訓練を行っていた 訓練中に少女が海に浮かんでいるのを発見し救助する。艦内に収容し応急処置を行おうとしたところ突如として艦隊全艦が衝撃波に襲われる… 艦これ世界へと飛ばされた第5護衛隊群の物語が始まる