ある日の休み時間、教室から人だけが消える謎の現象に巻き込まれた高校生のしゅう、しんじ、そして名前も知らない窓際の女の子。どこからか聞こえる謎の課題をクリアしていく中で、二年前に転校したこたにとの切ない思い出と、別れの日に生じた深い誤解が明かされる。過去と現在を行き来しながら真実を知ったしゅうは、現実世界で再びこたにと向き合い、失われた絆を取り戻す青春ファンタジー。