江戸時代末期、新選組は会津藩預かりという非正規の京都警備組織体である。 日々治安の悪化する京都の街で新選組三番隊隊士となった村上剣吾は攘夷浪士達が画策する動乱を捜索し新選組と共にこれを摘発していく。