普通の女子高校生、輝子（てるこ）は、兄の女装趣味で悩んでいた。 あるとき、とある研究所の博士に見込まれて、ミクロ化人間の実験をさせられる。 兄の女装癖は、その体内に入っている小さな怪物の仕業であるという。 それに対し、輝子は、体を小さくされ、ボディスーツを着て、兄の体内に入り、怪物を退治する。 輝子は目的を遂げられるだろうか。 そして、それ以降、ミクロ化ヒロイン「ミクロスガール」として活動していくことになる。