いつも通りの生活を送っていた主人公　大黒　賢弥（おおぐろ　けんや）を含む選央高校の生徒総勢480名がある日を境に行方不明となる。この事件はある組織による大規模誘拐事件だった。拐われた生徒達は「生きて帰る」ために組織のプログラムに挑む！