再び目を覚ますと、源幽玄は一年前に戻ってきた、転生の真相を突き止めとする彼は東京に来て、転校後の学校で、同じ未来から戻ってきた御神彩羽と出会いた。二人は清水陽菜の誘いで、廃部寸前の推理部に入り、東京で起こっている連続殺人事件に目を付け、調査を始めてた。