太平洋中央部に突如出現した「深淵の大裂溝」。 日本の港町で民間潜水士として働く神谷悠真は、元海上保安庁特殊潜水隊の経歴を買われ、海上自衛隊の極秘調査に協力することになる。 しかし、裂溝海域に到達した瞬間、計器は狂い、海面下には計測不能の巨影。 そして、闇の中から悠真の頭に直接響く声――「鍵は、見つけた」。 この邂逅が、現世と海底の異界アトランティスを巡る戦いの幕開けだった。