「マジカルサイエンス部を復活させてほしい」 生徒会長から呼び出しを受けてそう依頼された尾崎風花。 その名は学校史にも残る伝説の部活。風花たちの親の世代で校内に知らないものはいないというほどのインパクトを残したあの部を再び立ち上げてほしいと依頼された往年のメンバーの子どもたちは、「依頼されたなら受けて立つ」とばかりに一念発起。もちろんその動きに彼らの親となり青春を謳歌した第一期のメンバーも大興奮。 科学と魔法を組み合わせてみんなを驚かせたり幸せにする。「夢がかなう部活動」そんなミッションを背負い、校内に旋風を再び巻き起こしていく物語の第二幕。始まります。