四歳の時に組織によって囚われてしまった少女ユウナ。彼女は魔王に対抗するという名目のもと、完成体として覚醒するために、地獄のような実験、改造が行われていた。そんな中、剣聖が組織に侵入し、その混乱の中ユウナは組織から脱出する。そしてそこからギルドに加入し、国家間の戦争、組織との戦闘、魔王の復活などといった様々なことに巻き込まれていく。