あの魔石獣による大災害から、もうすぐ三年。 鮫浦黎次は東京基地で今日も、サイレンを待っていた。 魔石獣を討伐する日々が続く中、前線に立てるのは自分だけ。 後継を決めなくてはならない現状に焦りを覚えつつも、決められない鮫浦の元へ、上司の継目がある知らせを持ってくる。 謎に満ちた東京で、鮫浦たちがたどり着く場所とは。