１９９７年ゴジラ死す。ゴジラはメルトダウンによって生命活動を停止させた。しかし、ゴジラの死から一年が経過した西暦１９９８年、世界各地で多数の怪獣が突如として出現した。突然現れた怪獣という人類にとって最大の天敵。この物語の主人公は人類滅亡という運命と最大の天敵、怪獣に抗い戦った兵士達、科学者達。\nそして前代から引き継いだ、新たな対怪獣用兵器、第二型メカゴジラによる決戦の物語