津波に襲われ、国家崩壊の危機に瀕した日本。その復興後に到来したのは、科学技術により解析されたＤＮＡランクで人生が決められてしまう絶望的な格差社会だった。最低ランクの少年コウは、黄金の瞳をした少女イヴに窮地を救われ、白い長髪の男イザナギの許（もと）へ導かれる。与えられた世界の欺瞞に少年が気付く時、人間の可能性を信じる叛逆者（リベリオン）たちの壮大な革命の物語が幕を開ける！