学校を出たばかりの汐田絵梨は、行方不明の叔父が残したメッセージによって『絶滅探偵社』の二代目所長となる。 それぞれに特殊な「力」を持つ部下たちと共に、絵梨は新米所長として奇怪な調査依頼に挑んで行く…