全人類が異能を保持している世界。異能力を高めることを目的に日本政府が直軸に管理している学校、東京国立異能特殊高等学校。日本中から集められた少年少女達が今年も入学してくる。新入生の1人、レイ。特殊な事情がある彼の入学はこの学校に大きな影響を齎す。今、少年少女達の青春黙示録が始まる。