新暦７８年ーー温暖化により大地が2割となった地球にて、宇宙進出を果たした人類は[神類]ことNMによって地球の生息圏を奪われようとしていた。 それから三年後、辛くも危機を乗り越えて復興の進む人類領[第一地区（ファースト）]に再び危機が訪れる。残された希望は最強のTHF［X-キャリバー］と［黒き亡霊］と呼ばれる謎の機体であった。