始祖イクスが作り上げた理想郷レプリカ。その管理者として、イクスの遺伝子から作られた初の女性型コピー「iks-099」は、他のコピーたちと少し違っていた。世話係のクロから色々なことを教えてもらう中で、この世界のシステムに疑問を持ち、失敗作のエラー種たちと交流を持つようになるが、それを他のコピーたちから問題視されて──。