怪獣「とんかち頭」の出現により引っ越しの繰り返しを余儀なくされていた少女アメリア・ライオンハートは、幼少期に両親を怪獣に奪われてしまう。数年後、両親を自分から奪った怪獣を討伐するべく怪獣専門の防衛部隊「怪獣自衛隊」に入隊する事になる。男社会の中、紅一点で男性隊員の訓練を消化する中、開発中の新兵器のパイロットに任命される。 目的は街の北東部沖にある海溝、そこにある海中洞窟の怪獣の巣を破壊する事。果たしてアメリアの任務はそれで終わるのか。