再び一年巻き戻った人間界とフィライン・エデン。
　雷奈の出生の秘密を手掛かりに、時間ループの真相を探ろうとする一方、フィライン・エデンでは希兵隊に近づく謎の人物が……。
　希兵隊に訪れた波乱の先に待ち受けるものとは、三年前の侵攻とは、そしてチエアリを牛耳っていた黒幕の正体とは？
　激闘の第二部、開幕！