時は二五〇〇年の日本。突如出現したクリスタルと黒い靄をしたシャドウにより、多くの人の命が奪われた。それは未知なる力を持ち、通常の武器では倒せず、政府は防衛機関アイリスを設立する。アイリスは様々な取り組みにより、人々の安全の象徴的存在となった。
　それから数年が経過し、健人は日々平穏に過ごしていたが、アイリスに勤める父から便りが届き、蘇芳という軍事用シンクロイドとのバディ契約をしろと命令されてしまい――。