ある事件がきっかけで生徒会長となってしまった主人公、千年原真昼。彼女は意思も気も弱い性格であったが、教師からの無理難題を生徒会役員たちと共に解決していく度成長していった。そうして、生徒会長という大役に慣れ始めてきたある日真昼は謎の少年と出会う。
その少年との出会いから真昼の日常は徐々に崩れ始め、後に世界を巻き込む大事件へと発展していくのであった。
これはその少年と出会い私が殺す物語。