現代日本に怪獣が現れてから50年。 様々な対策がされ、その一つで人工島が建設。そこは、怪獣を本土に侵入させないためのものであり、日本領であったが、各国の要望により独立国となった。 そんな小さな島で、少年の平太郎は祖父と共に巨大メカに乗り怪獣に立ち向かう。