戦争を境に世界から孤立した小さな街、ベーグルノーズ。
お腹を空かせた妖精たちのために、深夜喫茶店を開く十四歳の少女マーリンは、お掃除好きのパック、妖精王オーベロン、ピクシーのミン、いじめられっ子のホブゴブリンなど、様々な妖精たちに料理をふるまっていた。
ある日の夜、首に鈴をつけた黒うさぎを店の前で保護したマーリン。
穏やかに暮らしていたいと願うマーリンの生活が、その日を境に一変するのだった。