私立桜蔭学園の音楽室で、カリスマ教師・速水怜司が胸を刺され倒れていた。現場は、鍵のかかった完璧な密室。手には血で「D」の文字が記された楽譜が握られていた。この前代未聞の事件に、平凡な女子高生・霧島美羽は否応なく巻き込まれていく。 当初、事件を担当する刑事は学園関係者による犯行を疑うが、美羽は幼馴染の協力を得て独自に調査を開始。速水教師が抱えていた人間関係の闇、未発表のアリアに隠された秘密、そして「マエストロ」と名乗る者からの謎のメッセージが、美羽を事件の核心へと誘う。