舞台は現代の日本。 人間達は、自分たちの暮らしを豊かにするために、 森林を伐採し、海を埋め立て、次々と新しいものを 生み出してきた。だがその陰で、かつて恐れ、敬い、 共に在った妖(あやかし)という存在を忘れてしまった。 自然と共に生きてきた妖たちは、人間の身勝手な開発によって住処を追われ、次第に怒りを募らせていく。 そして、その怒りはやがて、各地で起きる不可解な事件として姿を現す。 そんな中、暁楓 奏（かぜ かなで）は、ひょんなこと から妖の事件を専門に扱う秘密機関、黄泉ノ桃源に所属することになる。 交錯する想いと因縁の中で、彼女は何を思い、何を 選ぶのか。そして、人と妖の未来とは…？