高校一年生となった蹴崎識奈（けざき しきな）は、あるきっかけから剣道と道場のから距離を置いていた。 それでも、無意識に染みついた動きは、消えることなく灰色と言う名の色で世界を塗りつぶしていた。 そんな彼を心配した両親が、海外にいる父の弟・蓮に相談する。蓮は識奈に、彼自身が再び構えるきっかけとなるような道具――次世代スマートウェアラブルARアクティベータデバイス《Veyra》を送る。 それは、世界を揺るがす現実拡張ARシステム《AnomA》へ接続する鍵だった。 識奈が心を閉ざしたまま受け取ったその機器を好奇心半分、反発半分で身につけたとき、視界に重なって現れたのは、もうひとつの層――異変（Anomaly）が顕現する世界の入り口。 剣を捨てたはずの識奈は、真の異変が交差する時、剣の楽しさを再び思い出す――。