2010年・冬のある夜… 突如静岡に怪獣が現れる事件が起きる。 静岡を火の海にした怪獣を撃退すべく、日本政府はGﾌｫｰｽの再結成を決断する。 ある日、とある大学に足を運んでいたGﾌｫｰｽ長官・国友満は「静岡に現れた怪獣は恐竜ｽﾋﾟﾉｻｳﾙｽが巨大化した姿だ」と証言する少年に出会う。 その少年に興味を持った国友は怪獣撃退の協力を依頼するが… 一方、 1996年以来、姿を眩ましているｺﾞｼﾞﾗ（ｼﾞｭﾆｱ）が気になった麻生は、怪獣探索を兼ね、ｺﾞｼﾞﾗの行方を探すために調査隊をある島に向かわせる。 島に辿り着いた調査隊だが、彼等が見たのは巨大な生物の死骸だった。 あの壮絶な戦いから数十年… 同族の意志を受け継いだｺﾞｼﾞﾗの新たなる戦いが始まろうとしている…