かつてイエズス会宣教師フランシスコ・ザビエルを日本へ導いたパウロ・デ・サンタ＝フェが、何者かにより「死」を与えられた現代日本の女子高校生らと共に、刻を越えて戦国日本のキリシタン史上最大の謎に迫る。