境源三（さかいげんぞう）に率いられた御庭廻組二番隊は九州へと晴海和尚を追った。 京では三魔と言われた今参局（いままいりのつぼね）が京を追われ、他の二人も失脚した。 政治の中枢が騒然とする中、日照りと大雨が京を襲い、全国的にも飢饉に陥り、中でも京の惨状は特に酷かった。それでも、将軍足利義政は自身の館「花の御所」の造営に走り、民の怨嗟の的となっていた。 そんな中、中御門経衡（なかみかどつねひら）は御庭廻組一番隊を強化したが、京に残った者達の上に様々な事件が降りかかってくる。 京の町中には夜な夜な辻斬りが現れ、土民の一揆は京を目指し、その上御所内でも殺人が続いた。 町方の探索組は辻斬り、御所内の殺人の捜査に追われ、その火の粉は京見廻組、御庭廻組一番隊にも降りかかってきた。 境源三はその騒然とした中に京に帰ってきた。 源三は遼河（りょうが）を九州に残す策を持って帰ってきていたが、その途中で土一揆の異様さを目にしていた。その上、上司前村教貫（まえむらのりつら）と面会する際、他の二つの事件の話も耳にした。 この三つの自称にそれぞれ関係があるのか・・・あるとすれば、何が係わっているのか。御庭廻組を中心とした者達はその騒乱の中に引き込まれていく。